2018年以来，经过五年污染防治攻坚，杭锦后旗碧水保卫战取得显著成效——2020年开始，总排干、一排干、二排干、三排干、西沙分干沟等五个地表水监测段面水质连续三年达到地表水Ⅳ类以上优良水质标准；2020年底旗域内基本消除城乡黑臭水体，治理成果持续得到巩固和提升。

　　全旗涉水食品加工企业58家（番茄脱水菜企业43家、屠宰企业9家、其它涉水食品加工企业6家）先后投入1.1亿元配套建设或提标改造污水处理设施，处理达标的水排入林草地、农用地或用于道路、村庄、园林绿化等，不再进入排沟；其它的涉水工业企业26家，废水全部回用、不外排，实现了点源污水零入海目标。

　　全旗50家规模化奶牛养殖场五年共投资1.5亿多元对粪污处理设施进行新、改、扩建，奶厅污水全部氧化塘处理，牛舍的粪污集中收集在硬化的晾粪场堆沤处理，处理后的粪污全部还田利用，彻底结束了过去每个规模化奶牛养殖场附近必然有一个臭水坑或臭水沟的历史。

　　实施重点区域集中污水处理设施建设工作，蒙海园区建成工业污水处理厂，蒙海镇、头道桥镇、三道桥镇和太阳庙集镇、召庙集镇建成生活污水集中处理站，旗人民医院、同泰医院、河套医院、中蒙医院和妇幼保健院新建或提标改造医疗废水处理设施，促进碧水保卫战顺利推进。

　　城镇生活污水处理方面，亿源水务污水处理厂投资1.629亿元，对2万吨/日原污水处理设施进行提标改造，同时铺设污水管网32.84公里，从而使污水处理能力达到4万吨/日、出水水质达到一级A标准。另外，改造雨污分流、供水等地下管网217公里，铺设城区中水管道15公里，城区旱厕全部改为水厕。2022年全年处理污水760多万吨。

　　利用陕坝北郊9座废旧砖窑取土时形成的大水坑进行湿地建设，投资3300万元，打造湿地水体1400亩，有效接纳了城镇污水处理厂处理后的水，稳定达到地表水“准五类”后再进入三排干。目前，每日可排入中水约2万吨，湿地蓄水总量达到140万吨。

　　在陕坝城镇水源地新打水源井14眼，配套水质净化处理设施，建成拥有水源井24眼、管网230多公里、供应14万人口饮水的新水源地；进一步规范化建设旗域内其它4处万人千吨集中式饮用水源地，配套了水质净化处理设施。